El municipio limita con los municipios de Tepotzotlán, Zumpango, Tequixquiac y Coyotepec del Estado de México. El Estado de Hidalgo Limita al noroeste. Ocupa un territorio de 161.98km2. 

El territorio contiene una serie de conos volcánicos erosionados, la mayoría de los cuales pertenecen a la Sierra de Guadalupe y la Sierra de Tepotzotlán. 

Las elevaciones significativas incluyen el Monte Cincoque, también conocido como Monte Huautecomaque (2.630 metros), el Cerro Grande Guaytepeque, también conocido como Cerro de la Estrella (2.700 metros), el Cerro de Ahumada, también conocido como Mesa Grande, (2.580 metros) y El cerro de guaytepeque (2.250 metros).

El río principal de la zona es el río Cuautitlán. Debido al proyecto de drenaje del siglo XVII, este río ahora conduce al río Tula en Hidalgo, en lugar del Valle de México.

El municipio contiene dos grandes presas para almacenar agua para uso agrícola, 16 arroyos, la mayoría de los cuales contienen agua solo en la temporada de lluvias, y 15 estanques o lagos pequeños. 

Los dos más grandes se llaman San Miguel de los Jagüeyes y Jagüey Prieto. El área tiene una temporada de lluvias durante los meses de junio a octubre y una estación seca de noviembre a mayo. Durante el año, las temperaturas oscilan entre los 6,9 ° C en invierno y los 23,8 ° C en verano, con un promedio de 15,4 ° C.